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Investigadores sanmarquinos han liderado varios de los principales descubrimientos en matemáticas y ciencias en el Perú. A fines del siglo siglo XIX, el matemático e ingeniero sanmarquino Federico Villarreal planteó un método para poder elevar un polinomio a un exponente cualquiera (real o complejo), conocido posteriormente como Polinomio de Villarreal. A inicios del siglo siglo XX, el físico e ingeniero Santiago Antúnez de Mayolo postuló por primera vez la existencia del neutrón, siendo hasta ahora el único peruano verificado que ha sido nominado a un Premio Nobel en Ciencias. En 2013, el matemático Harald Helfgott, hijo de docentes sanmarquinos y profesor emérito de la Universidad de San Marcos, demuestra la conjetura débil de Goldbach, después de 271 años de su formulación.
Investigadores sanmarquinos han desarrollado varios estudios destacados en humanidades y sociales, entre estos se pueden mencionar: Bases para una interpretación de Rubén Darío, tesis de pregrado del escritor peruano y Premio Nobel de Literatura Mario Vargas Llosa, publicada como ensayo en el 2001. Así también, Yawar Para, Kilku Warak’aq, Andrés Alencastre Gutiérrezpa harawin pachapi, Qosqomanta runasimipi harawi t’ikrachisqa, ch’ullanchasqa kayninpi, tesis doctoral presentada en 2019 por la antropóloga y literata Roxana Quispe Collantes, siendo la primera tesis doctoral escrita y defendida en una lengua quechua.
Investigadores sanmarquinos han liderado varios de los principales descubrimientos históricos, arqueológicos y antropológicos en el Perú. Tal es el caso del médico y arqueólogo sanmarquino Julio C. Tello, quien en 1919 analizó los restos arqueológicos de Chavín de Huántar (1000 a. C.), identificándolos entonces como el foco de la civilización andina más antigua del Perú. En 1927, el también arqueólogo sanmarquino Toribio Mejía Xesspe, realizaría el descubrimiento científico de las líneas de Nazca bajo la tutela de Tello. Finalmente, casi un siglo después, la arqueóloga y antropóloga sanmarquina Ruth Shady actualizaría las conclusiones iniciales de Tello a través de su estudio de la ciudadela de Caral (3000 a. C.), a la cual identificó como la civilización más antigua de América.